MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Buchnera aphidicola str. APS (Acyrthosiphon pisum) plasmid pTrp

Total Repeats: 85

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002252	T	7	7	2	8	0 %	100 %	0 %	0 %	10957100
2	NC_002252	A	7	7	35	41	100 %	0 %	0 %	0 %	10957100
3	NC_002252	ACA	2	6	64	69	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957100
4	NC_002252	ATC	2	6	77	82	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10957100
5	NC_002252	ATT	2	6	105	110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10957100
6	NC_002252	CAG	2	6	119	124	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10957100
7	NC_002252	TAA	2	6	129	134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10957100
8	NC_002252	A	8	8	133	140	100 %	0 %	0 %	0 %	10957100
9	NC_002252	CTG	2	6	185	190	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10957100
10	NC_002252	CT	3	6	217	222	0 %	50 %	0 %	50 %	10957100
11	NC_002252	A	7	7	268	274	100 %	0 %	0 %	0 %	10957100
12	NC_002252	T	6	6	280	285	0 %	100 %	0 %	0 %	10957100
13	NC_002252	A	7	7	287	293	100 %	0 %	0 %	0 %	10957100
14	NC_002252	ACA	2	6	326	331	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957100
15	NC_002252	TGA	2	6	336	341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957100
16	NC_002252	A	7	7	346	352	100 %	0 %	0 %	0 %	10957100
17	NC_002252	T	6	6	353	358	0 %	100 %	0 %	0 %	10957100
18	NC_002252	AAC	2	6	403	408	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957100
19	NC_002252	T	6	6	433	438	0 %	100 %	0 %	0 %	10957100
20	NC_002252	A	6	6	496	501	100 %	0 %	0 %	0 %	10957100
21	NC_002252	TTTA	2	8	524	531	25 %	75 %	0 %	0 %	10957100
22	NC_002252	TTG	2	6	545	550	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10957100
23	NC_002252	ATC	2	6	554	559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10957100
24	NC_002252	A	9	9	560	568	100 %	0 %	0 %	0 %	10957100
25	NC_002252	A	7	7	611	617	100 %	0 %	0 %	0 %	10957100
26	NC_002252	A	7	7	625	631	100 %	0 %	0 %	0 %	10957100
27	NC_002252	AGA	2	6	636	641	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957100
28	NC_002252	AGAAA	2	10	645	654	80 %	0 %	20 %	0 %	10957100
29	NC_002252	GAA	2	6	658	663	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957100
30	NC_002252	A	7	7	750	756	100 %	0 %	0 %	0 %	10957100
31	NC_002252	AATT	2	8	764	771	50 %	50 %	0 %	0 %	10957100
32	NC_002252	T	8	8	811	818	0 %	100 %	0 %	0 %	10957100
33	NC_002252	A	8	8	855	862	100 %	0 %	0 %	0 %	10957100
34	NC_002252	T	6	6	883	888	0 %	100 %	0 %	0 %	10957100
35	NC_002252	ATG	2	6	944	949	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957100
36	NC_002252	A	7	7	950	956	100 %	0 %	0 %	0 %	10957100
37	NC_002252	A	7	7	1005	1011	100 %	0 %	0 %	0 %	10957100
38	NC_002252	CAG	2	6	1038	1043	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10957100
39	NC_002252	AGT	2	6	1209	1214	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957100
40	NC_002252	AATT	2	8	1310	1317	50 %	50 %	0 %	0 %	10957100
41	NC_002252	GAAGGG	2	12	1327	1338	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10957100
42	NC_002252	CGG	2	6	1350	1355	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10957100
43	NC_002252	CAA	2	6	1436	1441	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957100
44	NC_002252	GTT	2	6	1459	1464	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10957100
45	NC_002252	AG	3	6	1494	1499	50 %	0 %	50 %	0 %	10957100
46	NC_002252	TAA	2	6	1520	1525	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10957100
47	NC_002252	A	7	7	1533	1539	100 %	0 %	0 %	0 %	10957100
48	NC_002252	ACA	2	6	1591	1596	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957101
49	NC_002252	AAC	2	6	1624	1629	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957101
50	NC_002252	A	7	7	1639	1645	100 %	0 %	0 %	0 %	10957101
51	NC_002252	ATT	2	6	1683	1688	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10957101
52	NC_002252	A	6	6	1701	1706	100 %	0 %	0 %	0 %	10957101
53	NC_002252	TAA	2	6	1777	1782	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10957101
54	NC_002252	A	7	7	1781	1787	100 %	0 %	0 %	0 %	10957101
55	NC_002252	TAG	2	6	1807	1812	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957101
56	NC_002252	TCA	2	6	1826	1831	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10957101
57	NC_002252	TAG	2	6	1837	1842	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957101
58	NC_002252	GGC	2	6	1851	1856	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10957101
59	NC_002252	CAT	2	6	1894	1899	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10957101
60	NC_002252	ATG	2	6	1909	1914	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957101
61	NC_002252	CAA	2	6	1979	1984	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957101
62	NC_002252	A	6	6	2020	2025	100 %	0 %	0 %	0 %	10957101
63	NC_002252	AAC	2	6	2093	2098	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957101
64	NC_002252	A	6	6	2119	2124	100 %	0 %	0 %	0 %	10957101
65	NC_002252	AT	3	6	2147	2152	50 %	50 %	0 %	0 %	10957101
66	NC_002252	A	9	9	2170	2178	100 %	0 %	0 %	0 %	10957101
67	NC_002252	ACA	2	6	5221	5226	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957102
68	NC_002252	AAC	2	6	5254	5259	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957102
69	NC_002252	A	7	7	5269	5275	100 %	0 %	0 %	0 %	10957102
70	NC_002252	ATT	2	6	5313	5318	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10957102
71	NC_002252	A	6	6	5331	5336	100 %	0 %	0 %	0 %	10957102
72	NC_002252	TAA	2	6	5407	5412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10957102
73	NC_002252	A	7	7	5411	5417	100 %	0 %	0 %	0 %	10957102
74	NC_002252	TAG	2	6	5437	5442	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957102
75	NC_002252	TCA	2	6	5456	5461	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10957102
76	NC_002252	TAG	2	6	5467	5472	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957102
77	NC_002252	GGC	2	6	5481	5486	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10957102
78	NC_002252	CAT	2	6	5524	5529	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10957102
79	NC_002252	ATG	2	6	5539	5544	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957102
80	NC_002252	CAA	2	6	5609	5614	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957102
81	NC_002252	A	6	6	5650	5655	100 %	0 %	0 %	0 %	10957102
82	NC_002252	AAC	2	6	5723	5728	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957102
83	NC_002252	A	6	6	5749	5754	100 %	0 %	0 %	0 %	10957102
84	NC_002252	AT	3	6	5777	5782	50 %	50 %	0 %	0 %	10957102
85	NC_002252	A	10	10	5800	5809	100 %	0 %	0 %	0 %	10957102

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.